python 列线图

列线图是临床预测模型必不可少的元素,目前绘制列线图在R语言中是非常简单的事情,而且有各种精美的格式,但是你知道怎么使用python绘制列线图吗? 今天给大家介绍一个可以绘制列线图的python库,名字是:simpleNomo 。 这个包可以直接使用excel文件进行绘制列线图,

列线图是临床预测模型必不可少的元素,目前绘制列线图在R语言中是非常简单的事情,而且有各种精美的格式,但是你知道怎么使用python绘制列线图吗?

今天给大家介绍一个可以绘制列线图的python库,名字是:simpleNomo

这个包可以直接使用excel文件进行绘制列线图,理论上只要是可以计算变量系数的模型都能使用,感觉还是挺方便的。

安装

环境需求:

pandas==1.2.4
numpy==1.21.5
matplotlib==3.5.1

安装,没改镜像的记得先修改pip镜像,不然可能会安装失败哦:

pip install simpleNomo

使用简介

就一个函数,使用方式如下:

nomogram(path, result_title="Positive Risk", fig_width=10, single_height=0.45, dpi=300,
         ax_para = {"c":"black", "linewidth":1.3, "linestyle": "-"},
         tick_para = {"direction": 'in', "length": 3, "width": 1.5,},
         xtick_para = {"fontsize": 10, "fontfamily": "Songti Sc", "fontweight": "bold"},
         ylabel_para = {"fontsize": 12, "fontname": "Songti Sc", "labelpad":100, 
                        "loc": "center", "color": "black", "rotation":"horizontal"},
         total_point=100)

主要是调节一下字体、标签啥的,和R语言中各种列线图的丰富选项是不能比的哈~

下面是使用演示,首先需要自己准备一个excel文件,这个template.xlsx文件内容长这样:

然后直接用即可:

import simpleNomo as sn

path = "../000files/nomogram-main/template.xlsx"
fig = sn.nomogram(path = path)

出图如下:

作者觉得相比于R和SAS,这个包绘制列线图的优势是可以显示risk,这是其他方式不具备的。

使用时记得引用文献:

Hong, H., & Hong, S. (2023). simpleNomo: A Python Package of Making Nomograms for Visualizable Calculation of Logistic Regression Models. Health Data Science, 3, 0023.

这个文献中还比较了一下和SAS、R中绘制列线图的异同:

所以你会使用这个python库绘制列线图吗?

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知秋君
上一篇 2024-08-16 16:12
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