列线图是临床预测模型必不可少的元素,目前绘制列线图在R语言中是非常简单的事情,而且有各种精美的格式,但是你知道怎么使用python绘制列线图吗?
今天给大家介绍一个可以绘制列线图的python库,名字是:simpleNomo
。
这个包可以直接使用excel文件进行绘制列线图,理论上只要是可以计算变量系数的模型都能使用,感觉还是挺方便的。
安装
环境需求:
pandas==1.2.4
numpy==1.21.5
matplotlib==3.5.1
安装,没改镜像的记得先修改pip
镜像,不然可能会安装失败哦:
pip install simpleNomo
使用简介
就一个函数,使用方式如下:
nomogram(path, result_title="Positive Risk", fig_width=10, single_height=0.45, dpi=300,
ax_para = {"c":"black", "linewidth":1.3, "linestyle": "-"},
tick_para = {"direction": 'in', "length": 3, "width": 1.5,},
xtick_para = {"fontsize": 10, "fontfamily": "Songti Sc", "fontweight": "bold"},
ylabel_para = {"fontsize": 12, "fontname": "Songti Sc", "labelpad":100,
"loc": "center", "color": "black", "rotation":"horizontal"},
total_point=100)
主要是调节一下字体、标签啥的,和R语言中各种列线图的丰富选项是不能比的哈~
下面是使用演示,首先需要自己准备一个excel文件,这个template.xlsx
文件内容长这样:
然后直接用即可:
import simpleNomo as sn
path = "../000files/nomogram-main/template.xlsx"
fig = sn.nomogram(path = path)
出图如下:
作者觉得相比于R和SAS,这个包绘制列线图的优势是可以显示risk
,这是其他方式不具备的。
使用时记得引用文献:
Hong, H., & Hong, S. (2023). simpleNomo: A Python Package of Making Nomograms for Visualizable Calculation of Logistic Regression Models. Health Data Science, 3, 0023.
这个文献中还比较了一下和SAS、R中绘制列线图的异同:
所以你会使用这个python库绘制列线图吗?
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